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A Novel SARS-CoV-2 Viral Sequence Bioinformatic Pipeline Has Found Genetic Evidence That the Viral 3′ Untranslated Region (UTR) Is Evolving and Generating Increased Viral Diversity

저자

Farkas C.,Mella A.,Turgeon M.,Haigh J.J.

학술지명

Frontiers in Microbiology

출판/발행연도

2021

주제

#생물정보학
#게놈
#유전학

요약

본 연구는 SARS-CoV-2 게놈 서열 분석을 위한 바이오정보학 파이프라인을 개발하고, 229,000개 이상의 바이러스 서열을 분석하여 ORF3a 유전자와 3′ 비번역 영역에서 증가된 다형성을 확인했습니다. 특히, 보존된 줄기 루프 영역에서 바이러스 다양성이 증가하고 있으며, ORF8 유전자의 비활성화가 B.1.1.7 계통에서 빈번하게 발생함을 발견했습니다.

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- # 무작위 배정
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유전체 역학 2은 유전체 역학에 대한 개론적인 이해를 가진 학생들이 보다 심화된 유전체, 정보학, 유전통계 및 맞춤형 건강에 대한 이해를 심화시키고, 다양한 분석실무 능력을 갖추는 것을 목표로 한다. 전장유전체 분석, 염기서열 자료를 통한 질병관련성 분석 등의 실습을 통해서 스스로 유전체 자료를 통해 필요한 질병관련성의 분석을 수행할 수 있는 역량을 갖추도록 한다.
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- # 인과 추론
- # 추론
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세균학최신토픽 의과대학 의학과
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이 과목은 ‘도시통계분석’의 고급과정으로서 도시 연구에서 제기되는 문제들을 계량적으로 분석하는 데 사용되는 방법의 원리와 응용방법을 심도 있게 살펴보는 데 목적이 있다. 이 과목을 수강한 학생들은 계량분석을 이용한 최신의 도시 연구 논문들을 이해할 수 있고, 자신의 연구 질문에 맞는 자료와 분석방법을 이용하여 스스로 접근할 수 있는 능력을 갖추게 될 것이다. 세부적으로 고전적 선형회귀 모형, 일반화 선형모형(generalized linear models), 연립방정식모형(simultaneous equations models), 패널자료 모형(panel data models), 다수준 회귀모형(multi-level regression models), 이산선택모형(discrete choice models), 시계열분석(time series analysis), 공간계량분석(spatial econometrics) 등을 학습하게 된다. 수업시간을 통해 기본 원리를 습득할 뿐만 아니라, 과제를 통해 Stata 등 통계 패키지(학생선택에 따라 R, Python, MATLAB 등을 이용할 수도 있음)를 이용하여 실제 자료에 분석방법을 적용하는 실습을 할 기회를 갖는다.
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식품영양분야에서 실험 및 관찰 연구에서 수집된 자료를 분석하기 위해 필요한 통계학적 원리를 소개하고, 실제 자료 분석에 적용하는 방법들을 다룬다. 특히 통계 소프트웨어를 이용한 자료 분석 실습을 통해 식품영양학 연구의 통계적 문제를 이해하고 해결하는 능력을 배양한다.
- # 통계학
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수의유전체의학 연구 2 수의과대학
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본 과목은 수의유전체의학 분야의 최신 연구 동향과 기술 발전을 이해하고, 대학원생이 연구 중심적 사고와 발표 능력을 기를 수 있도록 설계되었다. 전반부는 유전체의학 분야에서 활발히 활동 중인 국내외 전문가를 초청하여 최신 연구와 임상 적용 사례를 청취하는 세미나 형식으로 진행된다. 후반부는 수강생들이 유전체의학관련 최신 논문을 선정·분석하고 자신의 연구와 연계된 주제를 발표함으로써 연구 설계와 학술적 소통 능력을 강화한다.
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- # 의학 연구
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작물후성유전학특강 국제농업기술대학원 국제농업기술학과
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본 교과목은 DNA 서열의 변화와 상관없이 유전자 발현이 조절되며, 그 결과로 나타난 표현형이 다음 세대로 유전되는 현상을 다루는 후성유전학의 기본 지식을 전달하고 최신 연구 동향을 소개한다. 또한 최근 빠르게 발전하고 있는 작물 분야의 후성유전학 연구에 필요한 배경 지식과 실험 기법의 기초 원리 습득을 목표로 한다. 특히 크로마틴 구조의 변화를 유발하는 DNA 메틸화, 비암호화 RNA 및 히스톤 단백질의 메틸화, 아세틸화, 인산화, 수모화 및 유비퀴틴화와 같은 번역후 수식에 의한 다양한 유전자 발현조절 메커니즘을 자세히 다룬다. 한편 식물 조직 배양의 재분화 과정에서 발생하는 후성유전학적인 체세포 변이에 의한 생명공학작물 개발의 어려움과 극복 방안에 대해 살펴본다. 궁극적으로 작물의 후생유전학적 현상에 대한 대학원생들의 이해도를 높이고 작물 개량에서 응용 가능성과 전망을 소개한다.
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- # 유전학
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치의재생 치료 신약 및 신개발 의료기기 설계 기초 치과대학 치의과학과
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손상된 조직재생, 기능을 복원하기 위해 개발되는 저분자, 펩타이드, 단백질, 유전자 치료제 신약에 대한 분류, 신약으로 도출되기 위해 필수로 수행해야하는 시험 및 임상연구에 대한 기초지식을 학습함. 또한 조직복원을 위한 약물융합소재, 생리활성 바이오소재 등에 기반한 의료기기의 설계 및 기능평가 연구에 대해서 학습함.
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임목집단유전학 농업생명과학대학 농림생물자원학부
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돌연변이, 자연도태, 유전적 부동과 이주 등 진화를 초래하는 요인들에 의한 임목 집단의 유전자 빈도 변화양상, 구체적으로는 하디와인버그의 법칙, 작은 집단에서의 유전적 변화, 집단의 유효 개체 수 등과 임목의 양적 형질의 유전양상과 관련하여서는 유전인자간의 상호 작용, 형질의 연속변이와 분산, 육종가, 표현형 분산, 유전적 분산과 그 요소, 유전자형과 환경과의 상호 작용, 유전력, 선발육종의 원리, 선발육종의 결과 및 효과, 개량효과의 추정방법, 근친교배와 원격교배의 결과 등에 관한 이론과 실험결과들에 대하여 배우며 이들 이론과 실험결과를 임목 육종과 삼림유전자원의 보전전략 수립에 적용하는 방법에 대하여 공부한다
- # 유전성
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유행병 모형 연구 보건대학원 보건학과
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감염병의 유행 양상은 개체 간 상호작용으로 인하여 일반적인 통계모형으로 기술하기 어려워 수학적 모형이나 행위자기반 모형 등의 대안이 활용된다. 나아가, 복잡계 특성을 이해하기 위하여 네트워크 모형 등 새로운 방법들도 적용되고 있다. 비전염성 유행병에도 여러 가지 모형들이 적용될 수 있다. 이 과목은 다음과 같은 주제의 학습으로 역학연구 역량을 기르고자 한다: 1)수학적 모형, 2)행위자기반 모형, 3)복잡계 모형, 4)질병예방관리 적용
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유전체 및 의료 데이터 분석 데이터사이언스대학원 데이터사이언스학과
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생명 공학의 발전과 의료의 디지털화로 인해서 방대한 양의 유전체 및 오믹스, 그리고 전자의무기록 데이터가 수집되었으며, 이제 이 방대한 데이터의 처리 및 분석이 중요한 문제이다. 본 과목은 유전체, 오믹스, 의료 데이터의 특성을 소개하며, 이러한 데이터를 분석할 수 있는 통계 및 머신러닝 기반의 분석 방법을 소개한다. 특히, 이 과목은 유전체 등의 바이오 데이터와 전자의무기록이 결합되어 있는 바이오뱅크 데이터에 중점을 둔다. 구체적인 주제는 다음과 같다 ◆ 유전체 등의 바이오데이터와 전자의무기록 데이터의 특성 ◆ 유전체 데이터 연관성 분석 ◆ 유전체 기반 질병 위험도 예측, 인과관계 추론 및 약물 표적 규명 ◆ 전자의무기록 데이터 기반 임상 의사결정 지원 시스템 ◆ 유전체 및 임상 데이터 통합한 다중 모드 데이터 분석
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- # 유전체학
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아시아 연구 데이터 분석 인문대학 아시아언어문명학부
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아시아 연구 데이터 분석은 아시아 전역의 사회문화적 역학 연구를 위해 데이터 집약적 기법과 인문학적 해석을 연결하는 학제적 방법으로서 문화 분석을 소개한다. 이 강의는 문화 분석을 단순한 방법론적 틀이 아닌, 컴퓨터적 접근 방식과 해석적 실천을 연결하는 구체적인 방식으로 다룬다. 이를 통해 인문학과 사회과학을 특징짓는 상호텍스트성, 심층적인 역사적 맥락, 그리고 상황적 발화를 전면에 부각시킨다. 경험적으로, 이 과정은 텍스트, 시각, 청각의 세 가지 탐구 영역을 아우르며, 컴퓨터 도구를 활용하여 민족주의, 카스트와 같은 사회적 응집력, 그리고 언어, 지역, 젠더, 계급 등 사회학적 지표 전반에 걸친 다양한 변이와 같은 강력한 사상의 궤적을 추적한다.
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